出资合同或设立公司协议的核心内容之一是公司组织机构和公司机构产生的具体办法和程序。法院受理的股东权纠纷案件中，由于出资合同或者设立公司协议对公司组织机构和组织机构产生的具体办法和程序约定不完善造成的纠纷所占比例较大，这个问题也引起法律实务界的关注，但是股东在开始设立公司时并不太关心这个问题，特别是没有涉及良好的方案，甚至有不少自相矛盾之处。所以，倡导理性投资，提供理性投资方案或建议，需要工商界和律师界的共同努力。

    利润分配或亏损承担不一定按照出资比例，如果股东出资合同或出资协议规定不按照出资利弊而是作出了另外约定，并且公司章程也有了约定，则可以按照股东出资合同或设立公司协议、公司章程规定的比例分配利润和承担亏损。所以，在利润分配和亏损承担上，股东有了更多的选择权，这样大股东利用优势定位做出有利于自己安排的可能性增加，中小股东会因此而利益受损，但只要是全体股东签字确认的，股东注资合同或者设立公司协议所做出的安排就具有法律效力，全体股东包括中小股东都必须遵守。

    4、出资证明书、股东名册与股东身份

    股东身份是投资者作为公司股东的身份，这一身份意味着投资者作为股东参与公司管理和分配利润的权利，是投资者最重要的复合权利。确定股东身份的证据，有股东签署的股东出资合同书或设立公司协议，还有出资证明书、股东名册。

    我国《公司法》第32条规定，有限公司成立后，应当向股东签发出资证明书。证明书的主要内容包括：（一）；（二）公司成立日期；（三）资本；（四）股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期；（五）出资证明书的编号和核发日期。出资证明书由公司盖章。因此，出资证明书是确定股东身份的有力证据，也是防范和控制股东与公司纠纷、股东之间纠纷的重要手段和措施。

    我国《公司法》第33条规定了股东名册。该条规定，有限责任公司应当置备股东名册。股东名册记载的事项为：（一）股东的姓名或者名称及住所；（二）股东的出资额；（三）出资证明书编号。同时规定，记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。所以，如果股东事项变化时，应当办理变更登记，才能具有对抗第三人的效力。股东有权查阅股东名册，对股东名册记载事项与事实有出入的有权提出变更申请，以维护自己的合法权益。

    5、公司章程

    公司章程被称为公司“宪法”，特别是2006年新公司法更多条款体现了“公司自治”原则，将更多内容交给股东自由决定，只要公司章程有不同于法律的规定，以公司章程为准。所以，在制定公司章程时应更加细致和慎重。

    有限责任公司的章程由全体股东共同制定。

    公司章程主要内容与股东出资合同或者设立公司协议相同，但股东出资合同或者设立公司协议是针对全体股东的，效力范围限于股东；公司章程是针对整个公司的，效力范围及于公司全体人员及其行为，并且对外公示。所以，公司章程的内容涵盖股东出资协议或设立公司协议，但又约定更多内容。

    公司章程是解决公司内部纠纷的正式依据。公司章程内容的不完善或不明确不但容易产生纠纷，而且在纠纷产生时没有具体依据从而不利于纠纷的解决。

    公司章程不仅在制定的时候做到内容完备、方案设计科学合理，而且公司章程的修改也要严格按照章程规定的权限和程序进行，并且到工商行政管理部门办理相应的变更手续。

    6、

    《公司法》第十三条规定：依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。所以，公司法定代表人并不一定是公司董事长。这样公司章程有了规定法定代表人的相对自由空间。在公司纠纷中，由于公司法定代表人变更造成的比重很大，特别是在非正常情况下更变公司法定代表人，有些公司甚至产生了两套、多套领导班子，造成公司经营无法进行。为了防止公司法定代表人变更引起的纠纷，公司章程应该详细规定公司法定代表人变更程序，特别是精心设计纠纷解决机制。

    7、

    ，是指只有一个自然人股东或者一个东的有限责任公司。一人有限责任公司应当在公司登记中注明自然人独资或者法人独资，并在公司营业执照中载明。